1991. urtean hainbat proiektu aldizkatzen hasi zen: batetik, Julios Hemphillen eta Tough Youngen mailako artista eta taldeekiko lankidetza eta, bestetik, Europako birak bere laukotearekin. 1993an Japoniako diskoetxe batekin egin zuen debuta eta "J. C. On The Set" albuma kaleratu zuen, jazz modernoan buru-belarri murgildu zela. Horren ondoren honako lan hauek egin zituen Carterrek: "Jurassic Classics" (1995, Dew), "Conversin' with the Elders" (1996, Atlantic) eta "In Carterian Fashion" (1998, Atlantic).
Disko ugari
90eko hamarkadaren amaieran sormenerako gaitasun nekaezina erakutsi zuen saxo-jotzaileak eta musika industria komertzialari aurre egin zion: estudioan grabatutako arrisku handiko bi disko batera kaleratu zituen 2000n, "Chasin' the Gypsy" eta "Layin' in the cut". Horietan bere maisutasuna erakutsi zuen eta bere jarduera osoko konposiziorik indartsuenak bildu zituen. 2003an beste lan batekin itzuli zen: "Gardenias For Lady Day" (Columbia / Sony), Billy Holidayren omenez, eta 2004an "Live At Bakers" zuzeneko diskoa kaleratu zuen. Ia lau urteko atsedenaldia hartu ondoren iaz bere azken albuma grabatu zuen, "Present Tense", hain zuzen ere. Soinu lirikoen eta saxo hirutasunaren (sopranoa, tenorra eta baritonoa) aldeko apustua da diskoa eta, horrezaz gain, pieza batzuetan flauta eta klarinetea jo ditu.
Bere taldearekiko jarduera alde batera utzita, Carterrek hainbat diskotan lan egin du maila handiko artistekin: Cyrus Chestnut, Herbie Hancock, Rodney Whitaker, Regina Carter eta Karri Allyson, besteak beste.